W Polsce żubr jest prawnie chroniony już od XVI wieku. Początkowo były to dekrety królewskie, a w okresie rozbiorów ukazy carskie. Mocą specjalnego rozporządzenia Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 12.10.1938 r. żubr podlegał ścisłej ochronie.

Aktualnie w Polsce (2015 r.) żubr jest chroniony na podstawie Ustawy o Ochronie Przyrody z dnia 16 kwietnia 2004 r. (Dz. U. nr 92, poz. 880). Na podstawie tej ustawy Minister Środowiska wydał Rozporządzenie z dnia 6 października 2014 roku w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (Dziennik Ustaw RP Poz. 1348). W Załączniku nr 1 tego rozporządzeniu na liście gatunków objętych ochroną ścisłą jest wymieniony żubr z zaznaczeniem, że wymaga on ochrony czynnej. Minister Środowiska może wyjątkowo zezwolić na pozyskanie roślin i zwierząt z tej listy oraz na inne czynności podlegające zakazom lub ograniczeniom. Skarb Państwa odpowiada za szkody wyrządzane przez żubry w uprawach, płodach rolnych lub w gospodarstwie leśnym. Ponadto żubr został umieszczony na liście zwierząt ginących i zagrożonych, w tak zwanej Czerwonej Księdze (Red Data Book), wydanej po raz pierwszy w 1966 roku przez Międzynarodową Unię Ochrony Przyrody. Żubry podlegają także międzynarodowym konwencjom:

• Konwencja Berneńska (Bern Convention).

Sporządzona została w Bernie 17 września 1979 r. i dotyczy Ochrony Gatunków Dzikiej Fauny i Flory Europejskiej oraz ich Siedliskach Naturalnych. W załączniku III do tej konwencji wymienione są gatunki z rodziny Bovidae, do których w Polsce należą żubr i kozica (Rupicapra rupicapra).

• Dyrektywa Siedliskowa (Habitat Directive).

W krajach należących do Unii Europejskiej obowiązuje Dyrektywa 92/43 EEC dotycząca Ochrony Siedlisk Naturalnych oraz Dzikiej Fauny i Flory, uchwalona 21 maja 1992 r. i zmieniona dyrektywą 97/62 EEC. W załączniku II do tej dyrektywy są wymienione gatunki roślin i zwierząt, których ochrona wymaga wyznaczenia specjalnych obszarów ochrony. Z rodziny Bovidae wymieniony jest między innymi żubr Bison bonasus z zaznaczeniem, że jest to gatunek o pierwszorzędnym znaczeniu.

Na podstawie kryteriów, jakie obowiązują przy ustalaniu stopnia zagrożenia, żubr kwalifikuje się obecnie do kategorii „bliski zagrożenia” (NT – NEAR THREATENED).