W wolnym stadzie żubrów bytu­jącym w Puszczy Białowieskiej obserwuje się niską śmiertelność naturalną nie przekraczającą rocznie 3% ich stanu. Od początku istnienia wolnej populacji (1952-2014) padło 453 (264, 189) żubrów. W na­stępstwie braku czynników se­lekcyjnych u żubrów obserwuje się rzadkie w przyrodzie zja­wisko śmierci na skutek staroś­ci (7% upadków). Do ważniejszych przyczyn upadków żubrów należą urazy (głównie na skutek kolizji drogowych), choroby układu moczo-płciowego samców (NZN), choroby pasożytnicze, kłusownictwo itd. Nowością, która jest obserwowana od paru lat, jest śmierć żubrów na skutek drapieżnictwa wilków (około 3% upadków).

Należy pamiętać, że istnienie żubra jest ciągle jeszcze zagro­żone. Wysokie pokrewieństwo wszystkich żubrów może pro­wadzić do obniżenia odporności i ujawniania się wad genetycznych. Poszczególne populacje mogą spotykać się z lokalnymi zagrożeniami środowiskowymi. W Puszczy Białowieskiej należy do nich obniżenie zasobów pokarmowych i okresowy brak wody pitnej w czasie długotrwa­łej suszy, konkurencja innych kopytnych (jelenie), konflikt z go­spodarką leśną i rolną, inwazje owadów oraz brak możliwości migracji. Stałym zagrożeniem dla populacji żubrów są choroby wirusowe bakteryjne i pasożyt­nicze oraz nowo pojawiające się choroby o niewyjaśnionym pochodzeniu, jak choroba układu moczo-płciowego samców w Puszczy Białowieskiej

W Puszczy Białowieskiej obser­wuje się szczególnie okrutny rodzaj kłusownictwa - wnykarstwo. Wnyk wykonany jest zazwyczaj z plecionej z kilkunastu drutów pę­tli, a jego koniec zamocowany jest do drzewa. Wnyki nastawia­ne są na trasach wędrówek zwie­rząt. Żubry stają się raczej przy­padkowymi ofiarami i trafiają we wnyki nastawiane na jelenie, dzi­ki czy sarny. Co roku notuje się kilka przypadków okaleczenia, a nawet śmierci żubrów z tego po­wodu. Najczęściej pętla zaciska się na kończynach, czasem na szyi, rogach lub głowie. Niebez­pieczne są zarówno grube sta­lowe liny uniemożliwiające uwol­nienie się zwierzęcia, jak i cien­kie, które zrywane zaciskają się na kończynie powodując okale­czenie zwierzęcia.

Z chwilą rozpoczęcia natural­nego rozrodu następował szybki wzrost wolnego stada żubrów w latach 1958 - 1970. W 1971 r. liczebności przekroczyła 200 sztuk, a w 2014 w polskiej części Puszczy żyło już 522 osobniki. Nadmierna wielkość populacji może prowadzić do niekorzystnych zmiany w środowisku. Przykładem tego może być sytuacja z początków XX wieku. W Puszczy Białowieskiej bytowało wówczas 727 żubrów, 700 łosi, 2100 jeleni, 4500 saren, 1500 dzików i 600 danieli. Liczeb­ność jeleni wzrosła w 1914 r. do 6800 sztuk. Zwierzęta zgryzając młode pokolenie drzew uniemoż­liwiały naturalne odnowienie lasu. Kondycja i zdrowotność żubrów była zła.

Mając na uwadze te doświadczenia, z chwilą przekro­czenia liczebności 200 osobni­ków w 1971 roku zaczęto ograni­czać liczebność żubrów poprzez eliminację z hodowli osobników mniej wartościowych np. chorych, ułomnych, agresywnych, a także uporczywie wychodzących na pola uprawne. Redukcję osobników zdrowych prowadzono starając się nie naruszyć struktury populacji, jaka wytworzyła się w okresie, w którym nie ingerowano w życie wolnego stada. W ostatnich latach w polskiej części Puszczy Białowieskiej eliminacja prowadzona jest na niskim poziomie, a podlegają jej wyłącznie osobniki chore, ułomne czy agresywne.

Wolne populacje żubrów powin­ny mieć możliwość funkcjono­wania w warunkach naturalnych w długim przedziale czasowym, ale równocześnie nie powinny wywierać nadmiernej presji na środowisko leśne. Ostatnio powrócono do dyskusji nad koniecznością określenia optymalnej liczebności żubrów w Puszczy Białowieskiej. Debaty i kontrowersje zdają się nie mieć końca, a liczebność populacji w polskiej i białoruskiej części Puszczy zbliża się do poziomu 1000 osobników. Puszcza Białowieska jest zieloną wyspą otoczoną polami, łąkami i osadami w dodatku jej środek przecina odlesiony pas stanowiący granicę państwową wzdłuż której biegnie płot. Z tego powodu możliwość migracji żubrów jest ograniczona, a wraz ze wzrostem liczebności populacji rośnie zagęszczenie w rejonach intensywnie użytkowanych przez żubry.